\mainmatter
(本篇为试行篇，日后将进一步丰富，将包括从package下载，project建立，Rmarkdown主题格式，插入图片，kable及kableExtra包插入优化表格，Rmarkdown导出)
有时，我们需要展示我们的数据分析结果给他人，但是长篇的代码难以阅读，除了使用tidyverse减少代码长度外，我们同样可以将分析背景、分析过程、分析结果以及图表等形成报告，让他人能重复和验证我们的结果，确保结论的真实可信。 因此，本书开篇将会介绍如何生成分析报告。
markdown编写十分简单，例如
# title
# 第一章
## 第一节
sentences.
常见的markdown语法包括：
::: {style="width:400px"}
| Type this... | ...to get this |
|---|---|
normal text |
normal text |
*italic text* |
italic text |
**bold text** |
bold text |
***bold italic text*** |
bold italic text |
e^2^ |
e^2^ |
~~strikethrough~~ |
|
`code ` |
code |
| ::: |
一般通过 {R} 来插入，插入代码段的快捷键：win[Ctrl+Alt+I]
eval参数控制运行与否，eval=FALSE , 可以使得代码仅显示而不实际运行。 这样的代码段如果有标签， 可以在后续代码段中被引用。
include参数控制是否写入，include=FALSE ， 则本代码段仅运行， 但是代码和结果都不写入到生成的文档中。
echo参数控制了markdown是否显示代码块。若 echo=TRUE， 则表示代码块显示在 markdown 文档显示代码块；反之，代码块不出现在输出结果中。
collapse参数控制输出，markdown默认将一个代码块的代码、输出通常被分解为多个原样文本块中， 如果希望所有的代码、输出都写到同一个原样文本块中， 加选项 collapse=TRUE。
如果想添加网页链接，可以用方括号和圆括号
[Download R](http://www.r-project.org/)如果想制作简单表格，列与列之间用 | 分隔，表格的首行下面添加--------
Table Header | Second Header
------------- | -------------
Cell 1, 1 | Cell 2, 1
Cell 1, 2 | Cell 2, 2| Table Header | Second Header |
|---|---|
| Cell 1, 1 | Cell 2, 1 |
| Cell 1, 2 | Cell 2, 2 |
如果要插入公式，可以在Rmarkdwon里输入 $$\frac{\sum (\bar{x} - x_i)^2}{n-1}$$，那么实际输出:
可以使用latex的等式环境， 比如
$$a^{2}=b^{2}+c^{2}-2bc\cos A $$
$$f(x) = \int_{-\infty}^\infty \hat f(x)\xi\,e^{2 \pi i \xi x} \,\mathrm{d}\xi $$得到
$$ a^{2}=b^{2}+c^{2}-2bc\cos A $$ $$ f(x) = \int_{-\infty}^\infty \hat f(x)\xi,e^{2 \pi i \xi x} ,\mathrm{d}\xi $$\
想要运行代码
summary(iris)## Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width
## Min. :4.300 Min. :2.000 Min. :1.000 Min. :0.100
## 1st Qu.:5.100 1st Qu.:2.800 1st Qu.:1.600 1st Qu.:0.300
## Median :5.800 Median :3.000 Median :4.350 Median :1.300
## Mean :5.843 Mean :3.057 Mean :3.758 Mean :1.199
## 3rd Qu.:6.400 3rd Qu.:3.300 3rd Qu.:5.100 3rd Qu.:1.800
## Max. :7.900 Max. :4.400 Max. :6.900 Max. :2.500
## Species
## setosa :50
## versicolor:50
## virginica :50
##
##
##
输出表格与图片仅仅简单介绍，详细请阅读[《Rmarkdown 入门手册》]https://cosx.org/2021/04/rmarkdown-introduction/
```{r tables-mtcars, echo = F}
knitr::kable(iris[1:5, ], caption = "example0")
```
Table: (#tab:tables-mtcars)example0
| Sepal.Length | Sepal.Width | Petal.Length | Petal.Width | Species |
|---|---|---|---|---|
| 5.1 | 3.5 | 1.4 | 0.2 | setosa |
| 4.9 | 3.0 | 1.4 | 0.2 | setosa |
| 4.7 | 3.2 | 1.3 | 0.2 | setosa |
| 4.6 | 3.1 | 1.5 | 0.2 | setosa |
| 5.0 | 3.6 | 1.4 | 0.2 | setosa |
```{r}
plot(iris)
```
- Rmarkdown 介绍 https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/
- Rmarkdown 手册 https://bookdown.org/yihui/rmarkdown-cookbook/
- Rmarkdown 入门手册 https://cosx.org/2021/04/rmarkdown-introduction/