Comportement observé
Certains caractères exotiques ne sont pas rendus du tout dans le PDF, alors qu'ils sont dans le .tex. Voir un exemple de caractères qui ratent. On a un billet avec le souci sur le site : le billet, son PDF, le fichier tex.
Comportement souhaité
Tous les caractères sont rendus correctement, quitte à utiliser un fallback. C'est ce qu'il se passe sur le site web, où ces caractères apparaissent (en général) dans le HTML, mais en utilisant la police de secours (DejaVu Sans Mono, chez moi).