Validateur d'imports batch dans l'Authoring Platform

À propos du projet

Ce projet a pour objectif de valider le format d'un ensemble de fichiers détaillant une liste de concepts à ne pas modifier et une liste de modifications correspondant aux fichiers d'import batch de l'Authoring Platform. Le validateur doit être utilisé avant tout import batch dans l'édition française.

Prérequis

• Accès à un serveur FHIR contenant l'édition internationale (version du projet)
• Accès au dernier RF2 de l'édition nationale (dernière version publiée)

Installation du projet

# Exemple avec le gestionnaire d'environnement venv
python3 -m venv ~/chemin_vers_environnement/mon_environnement
source ~/chemin_vers_environnement/mon_environnement/bin/activate

# Récupérer le projet
git clone git@github.com:ansforge/interop-outil-nrc-validateur-batch.git
cd ./interop-outil-nrc-validateur-batch/
python3 -m pip install -e .

Utilisation du projet

Le projet nécessite plusieurs données en entrée :

• [OBLIGATOIRE] Endpoint d'un serveur FHIR contenant l'édition internationale de référence pour le projet
• [OBLIGATOIRE] Snapshot de la dernière release de l'édition française
• [OBLIGATOIRE] Date de publication de la dernière release de l'édition française
• [OBLIGATOIRE] Dossier de sauvegarde du fichier de résultats
• [OPTIONNEL] Chemin du fichier des concepts sans modification
• [OPTIONNEL] Chemin du fichier des descriptions à ajouter
• [OPTIONNEL] Chemin du fichier des métadonnées de descriptions à modifier
• [OPTIONNEL] Chemin du fichier des descriptions à remplacer par une nouvelle traduction
• [OPTIONNEL] Chemin du fichier des descriptions à inactiver

./validateur_batch/main.py "endpoint_FTS" "chemin_vers_release_fr/Snapshot/" "YYYYMMDD" "dossier_sauvegarde" --val "chemin_fichier_concept_sans_modification" --add "chemin_fichier_descriptions_à_ajouter" --chg "chemin_fichier_metadonnees_à_modifier" --rep "chemin_fichier_descriptions_à_remplacer" --ina "chemin_fichier_descriptions_à_inactiver"

Fichiers d'entrée valides

Ce projet peut valider jusqu'à 5 fichiers différents dans le cadre d'une tâche de traduction ou révision de traductions. Tous ces fichiers sont à mettre au format CSV.

Concepts sans modification

Le chemin vers ce fichier est passé par l'argument --val. Les colonnes attendues sont :

["Concept ID", "FSN"]

Descriptions à ajouter

Ce fichier correspond à l'onglet Description Additions du template d'import batch de SNOMED International.

Le chemin vers ce fichier est passé par l'argument --add. Les colonnes attendues sont :

["Concept ID", "GB/US FSN Term (For reference only)", "Preferred Term (For reference only)", "Translated Term", "Language Code", "Case significance", "Type", "Language reference set", "Acceptability"]

Métadonnées de descriptions à modifier

Ce fichier correspond à l'onglet Description Changes du template d'import batch de SNOMED International.

Le chemin vers ce fichier est passé par l'argument --chg. Les colonnes attendues sont :

["Description ID", "Preferred Term (For reference only)", "Term (For reference only)", "Case significance", "Type", "Language reference set", "Acceptability"]

Descriptions à remplacer par une nouvelle traduction

Ce fichier correspond à l'onglet Description Replacements du template d'import batch de SNOMED International.

Le chemin vers ce fichier est passé par l'argument --rep. Les colonnes attendues sont :

["Concept ID", "Description ID", "Preferred Term (For reference only)", "Term (For reference only)", "Inactivation Reason", "Association Target ID1", "Association Target ID2", "Association Target ID3", "Association Target ID4", "New Replacement Description ID", "Replacement term (For reference only)", "New Translated Term", "Language Code", "Case significance", "Type", "Language reference set", "Acceptability"]

Descriptions à inactiver

Ce fichier correspond à l'onglet Description Inactivations du template d'import batch de SNOMED International.

Le chemin vers ce fichier est passé par l'argument --ina. Les colonnes attendues sont :

["Description ID Or Term", "Language Code (require if the term is specified)", "Concept ID (Optional)", "Preferred Term (For reference only)", "Term (For reference only)", "Inactivation Reason", "Association Target ID1", "Association Target ID2", "Association Target ID3", "Association Target ID4"]

Règles implémentées

Les tableaux ci-dessous indiquent les règles éditoriales de l'édition française SNOMED CT qui sont implémentées et vérifiées par cet outil.

Règles génériques

Abréviations, acronymes et sigles (ab)

Identifiant de règle	Statut d'implémentation
ab1	❌
ab2	❌
ab3	❌

Articles (ab)

Identifiant de règle	Statut d'implémentation
ar1	❌
ar2	✅
ar3	❌
ar4-FR	❌
ar6	✅
ar7	❌

Caractères séparateurs ou de ponctuation (se)

Identifiant de règle	Statut d'implémentation
se1	❌
se2	❌
se3	❌
se4	❌
se5	❌
se6	❌
se7	❌
se8	❌
se9	❌
se10	❌
se11	❌

Lettres grecques (gr)

Identifiant de règle	Statut d'implémentation
gr1	❌

Lettres ligaturées (ll)

Identifiant de règle	Statut d'implémentation
ll1	❌

Noms propres (np)

Identifiant de règle	Statut d'implémentation
np1	❌

Rectification orthographiques de 1990 (or)

Identifiant de règle	Statut d'implémentation
or2	❌
or3	❌
or4	❌
or5	❌
or6	❌

Style général et syntaxe (ss)

Identifiant de règle	Statut d'implémentation
ss1	❌
ss2	❌
ss3	❌
ss4	❌
ss5	❌
ss6	❌
ss7	❌

Symboles scientifiques, chiffres et nombres (sc)

Identifiant de règle	Statut d'implémentation
sc1	❌
sc2	❌
sc3	❌
sc4	❌
sc5	❌
sc6	❌
sc7	❌
sc8	❌

Temps des verbes (tv)

Identifiant de règle	Statut d'implémentation
tv1	❌
tv2	❌
tv3	❌
tv4	❌

Unités de mesure (um)

Identifiant de règle	Statut d'implémentation
um1	❌
um2	❌
um3	❌
um4	❌
um5	❌
um6	❌
um7	❌
um8	❌

Règles spécifiques aux hiérarchies

Constatation clinique - Sous-hiérarchie constatation (co)

Identifiant de règle	Statut d'implémentation
co2	✅
co5	❌
co6-FR	✅

Constatation clinique - Sous-hiérarchie maladie (pa)

Identifiant de règle	Statut d'implémentation
pa2	❌
pa3	✅
pa3.1	❌
pa4	✅
pa5	❌
pa6	✅
pa7	✅
pa8	✅
pa9	✅
pa10	❌
pa11	❌

Échantillon (ec)

Identifiant de règle	Statut d'implémentation
ec2	✅
ec4	✅
ec5	❌
ec6	❌

Environnement ou lieu géographique - Sous-hiérarchie environnement (en)

Identifiant de règle	Statut d'implémentation
en1-FR	❌
en2-FR	❌
en3-FR	❌
en4	❌
en5	❌
en6-FR	❌

Environnement ou lieu géographique - Sous-hiérarchie région géographique et/ou politique du monde (ge)

Identifiant de règle	Statut d'implémentation
ge1	❌
ge2	❌

Objet physique (sb)

Identifiant de règle	Statut d'implémentation
sb1	✅
sb2	✅
sb3	✅

Organisme (ho)

Identifiant de règle	Statut d'implémentation
ho1	❌
ho3	❌
ho4	❌
ho5	❌
ho6	❌
ho7	❌
ho8	❌
ho9	❌
ho10	❌
ho11	❌

Procédure (pr)

Identifiant de règle	Statut d'implémentation
pr2	✅
pr3	✅
pr4	✅
pr5	❌
pr6	❌
pr7	❌
pr8	❌
pr9	✅
pr10	✅
pr12	✅
pr13	✅
pr14	✅
pr15-FR	✅

Produit pharmaceutique ou biologique (me)

Identifiant de règle	Statut d'implémentation
me1	✅
me2-FR	✅
me3	✅
me4	✅

Situation avec contexte explicite (hs)

Identifiant de règle	Statut d'implémentation
hs1	✅

Structure corporelle (bs)

Identifiant de règle	Statut d'implémentation
bs2	✅
bs3	✅
bs4	❌
bs5	✅
bs6	✅
bs7	✅
bs8	✅
bs9	✅
bs10-FR	✅
bs11-FR	✅
bs12	✅
bs13	✅

Substance (su)

Identifiant de règle	Statut d'implémentation
su1-FR	✅
su2-FR	❌
su3-FR	✅
su4-FR	❌
su5-FR	❌
su6-FR	❌
su7-FR	❌
su8-FR	✅

Licence

Sous licence MIT, voir le fichier LICENSE pour plus d'informations.