🧬 Microbioma intestinal · Redes complejas · 📈 Series de tiempo/EWS · 🧪 Modelaje eco-computacional
Biología Cuantitativa & Sistemas Complejos, con reproducibilidad y cero humo.
Trabajo en la intersección entre microbiomas, dinámica ecológica, redes biológicas y modelos matemáticos/computacionales. Me interesan especialmente:
- Resiliencia del microbioma ante perturbaciones (dieta, antibióticos, etc.)
- Interacciones trans-reino (bacterias, virus, hongos)
- Señales de alerta temprana (EWS) y transiciones críticas (eubiosis ↔ disbiosis)
- Inferencia y análisis de redes (incluyendo enfoques multicapa)
- Ciencia reproducible: scripts claros, datos trazables, y resultados que se pueden rehacer sin rezos 🙏
- R (tidyverse, ggplot2, paquetes de redes, time series)
- Bash/Linux (pipelines, automatización, HPC-friendly habits)
- Python (cuando el problema lo pide y el entorno coopera)
Discrete Generalized Beta Distribution Modeling and Plotting
Ideal para Rank-Abundance Distributions cuando un power-law se queda corto en las colas.
- 📚 Docs: https://fa-moe.github.io/DGBD/
- 🧾 Código: https://github.com/Fa-Moe/DGBD
Instalación
devtools::install_github("Fa-Moe/DGBD")Citar
Moedano-Vargas F, Alvarez-Martinez R (2024). DGBD: Discrete Generalized Beta Distribution Modeling and Plotting. R package.
Análisis de microbiota usando redes multicapa (integración de capas taxonómicas, funcionales, metadata, etc.)
- 📚 Docs: https://nertekkad.github.io/mlBioNets/
- 🧾 Código: https://github.com/Nertekkad/mlBioNets
- 🧬 Bioconductor: https://www.bioconductor.org/packages/mlBioNets
- 🔗 DOI: https://doi.org/10.18129/B9.bioc.mlBioNets
Instalación (dev)
devtools::install_github("Nertekkad/mlBioNets")Si un repo no se puede correr en otra máquina… no es un repo, es un recuerdo 😄 Convenciones que me gusta seguir:
- estructura tipo
data/,scripts/,results/,figures/,docs/ - README con: qué hace, con qué datos, cómo correr, ejemplo mínimo
- notebooks Quarto/Rmd para “paper-trail” (explicar = reproducir)
Me interesa colaborar en:
- microbiomas + dinámica ecológica
- redes complejas en biología
- EWS y transiciones críticas
- pipelines reproducibles con datos públicos
📫 Contacto:
Si algo falla, abre issue: el caos también tiene estructura… a veces 😅 ```